При обмене с 1С отключаются (удаляются) товары, не участвовавшие в обмене. Отключение (удаление) корректно производится именно по окончании полного процесса обмена. Если обмен по каким-то причинам не прошел до конца и прервался на середине процесса, то отключение (удаление) товаров не происходит.
Создавалось для версии 2.3.7. Скорее всего, годится и для других версий 2.x