В админке на странице импорта добавлены два флажка:
1. Для товаров, отсутствующих в файле импорта, устанавливать нулевое количество (для всех вариантов).
2. Для товаров, отсутствующих в файле импорта, устанавливать состояние неактивности.

При импорте для товаров, отсутствующих в файле импорта, проводятся действия согласно отмеченным флажкам.
Эти изменения производится именно по окончании полного процесса импорта.
Если импорт по каким-то причинам не прошел до конца и прервался на середине процесса, то дополнительных изменений не происходит.

Создавалось для версии 2.3.8.
Скорее всего, годится и для других версий 2.x