При импорте для товаров, отсутствующих в файле импорта, устанавливается нулевое количество (для всех вариантов).
Это действие корректно производится именно по окончании полного процесса импорта.
Если импорт по каким-то причинам не прошел до конца и прервался на середине процесса, то изменение количества не происходит.
Создавалось для версии 2.3.8.
Скорее всего, годится и для других версий 2.x