При импорте для товаров, отсутствующих в файле импорта, устанавливается состояние неактивности. Это действие корректно производится именно по окончании полного процесса импорта. Если импорт по каким-то причинам не прошел до конца и прервался на середине процесса, то изменение не происходит.
Создавалось для версии 2.3.8. Скорее всего, годится и для других версий 2.x